對于備受關注和猜測的跨行轉賬費用，也在超級網銀上線后幾日塵埃落定。目前絕大多數銀行的超級網銀跨轉費用基本等同于其普通網銀轉賬費用，僅有少數銀行某些費用有所提高。
　　目前中國銀行、工商銀行、建設銀行、交通銀行等行，超級網銀跨轉費用與其普通網銀持平，沒有變化。而中信銀行和民生銀行客服人員表示，現階段使用該行的系統登錄超級網銀進行同城跨行轉賬，不收取任何費用。如果使用本行系統進行同城跨行轉賬，卻會收取一定的費用。
    相比之下，招商銀行和興業銀行在某些業務上收費則有所提高。
　　招商銀行客服人員表示，用招行的超級網銀進行跨轉時，無論同城還是異地，手續費均按每筆轉賬金額的0.6%收取，最低5元，最高50元，這項費用與招行普通網銀的異地跨行轉賬費用相同，而其普通網銀同城跨行轉賬是每筆2元。所以用招行超級網銀進行同城跨轉的收費則高于其普通網銀。不過招商銀行金葵花客戶依然保留了跨轉免費的優惠，金葵花客戶在使用超級網銀跨轉時依然不收取手續費。
　　興業銀行的客服人員則表示，如果在興業銀行使用超級網銀進行同城跨行轉賬，1萬元以下（含）每筆收取5.5元，1萬元至5萬元（含）轉賬每筆收取10.5元，雖然這一費用與多數銀行相同，但是使用該行網銀進行同城跨行轉賬則是免費的。
　　除了跨轉收費問題以外，超級網銀的安全問題也成為被關注的焦點。
　　“超級網銀”一經推出必將擴大在線交易的市場規模，隨之而來是，伴隨“超級網銀”衍生出的交易安全風險級別也陡然提高。與之前的普通網銀相比，一旦超級網銀用戶受到木馬病毒襲擊，繼而泄露賬號、密碼、甚至口令卡、U盾等安全信息被破解，那么用戶失去的將不僅僅是一家銀行的存款。
　　而且目前，如果想要開通多家銀行的超級網銀，除了要經過復雜認證手續外，還需要在每家銀行都辦理U盾等“安全鑰匙”，如果開通10家銀行的超級網銀，就意味著用戶要持有10個U盾，作為硬件的U盾本身遺失風險也在提高。
　　采訪中，多家安全軟件開發方都對記者表示，他們正在開發升級自己的產品，卡巴斯基正在完善其軟件產品“安全部隊”，這款軟件是為徹底解除在線交易隱患而專門研發的產品。